A inicios del año 1981 se inició el Proyecto de Investigación, Conservación y Puesta en Valor Huaca Pucllana, en virtud del compromiso entre la Municipalidad de Miraflores y el entonces Instituto Nacional de Cultura (INC). La iniciativa surge como un interés de la Municipalidad de Miraflores, en el marco del forum “Miraflores al 2000” de 1980. Se invitó al INC a ejecutar este proyecto con el compromiso de conseguir fuentes de financiamiento, teniendo como antecedente directo el programa que se desarrolló en 1967 a cargo de la Dra. Isabel Flores y supuso la primera intervención sistemática en el sitio. Se inició así una etapa de investigación continua y permanente, complementándose con actividades de conservación e implementación de labores de difusión cultural, creándose las condiciones necesarias para que en 1984 se inaugurara el Museo de Sitio.
En 1983 se llevaron a cabo investigaciones históricas a cargo de los historiadores Lorenzo Huertas (1983) y Rafael Varón Gabai (1983). Ambos autores coincidieron en señalar, sobre la base de la investigación documental, que a la llegada de los españoles, Huaca Pucllana se encontraba en abandono entre las tierras de los curacazgos de Sulco y Huatca.
A partir de 1991 el Proyecto de Investigación, Conservación y Puesta en Valor Huaca Pucllana continuó bajo el convenio suscrito entre el Instituto Nacional de Cultura y la Municipalidad de Miraflores. Ese mismo año, se realizaron excavaciones arqueológicas en el sector “B” que se encuentra separado del resto del conjunto por el trazado de la calle Independencia. Los trabajos permitieron exponer una serie de pasadizos, rampas, ambientes cerrados, áreas ceremoniales con ofrendas de vasijas especiales únicas de la cultura Lima, así como un ídolo bifronte de cerámica.
Nuevas intervenciones se sucedieron en el tiempo destacando, en orden cronológico, las siguientes:
Las últimas temporadas de excavación, en los años 2013 y 2014, supusieron la intervención de la plataforma 6 y del acceso entre ésta y la plataforma 5. Se expusieron nuevos recintos con configuraciones distintas a los característicos patios con banquetas, que proporcionan información acerca de las ocupaciones Lima, la transición de Lima a Wari, e incluso de la ocupación funeraria Wari, con el hallazgo, entre otros materiales, de una tumba intacta. En el Complejo Noreste, la excavación de un importante contexto de desechos arrojó información acerca de posibles actividades desarrolladas en el centro ceremonial, especialmente relacionadas a la manufactura textil.
Los trabajos de conservación y restauración de estructuras se ejecutan permanentemente de forma paralela a las excavaciones. Además de la excavación y los trabajos de campo, el PICPVHP comprende la intervención en gabinete de los materiales recuperados. Estos son limpiados y/o lavados, seleccionados, inventariados y analizados por los arqueólogos y especialistas a cargo.
En el año 2015 se inició el registro, inventario y análisis de los materiales recuperados de las excavaciones de la temporada anterior. Es en esta etapa donde todo el trabajo de campo es interpretado y los materiales trascienden su existencia física para explicar diferentes aspectos de nuestra historia. Arqueólogos y especialistas en las diferentes áreas se abocan a la elaboración del informe final, un documento donde se sintetiza todo el trabajo de la temporada. Asimismo, se prepara el proyecto de investigación, luego de cuya aprobación, se retomarán las labores en el campo, dando inicio a una nueva temporada.
La temporadas 2016 y 2017 comprendieron la excavación de dos zonas: la Sexta Plataforma, en la cima de la Gran Pirámide, y la sección más septentrional del Complejo Noreste, en la parte baja del centro ceremonial
En la Sexta Plataforma se intervinieron 3 áreas de las que se recuperó información acerca de la última etapa de la Fase Constructiva III, la planimetría y caracterización de la Fase Constructiva IV, los procesos de abandono definitivo del sitio y las ofrendas tardías de diferente índole. La información recuperada confirma el patrón de clausura y remodelación de la arquitectura de las últimas fases constructivas. Se distinguen dos momentos: el primero que anula la función del espacio, y comprende actividades como el desmontaje y derrumbe de muros, la destrucción de pisos, el depósito de ofrendas o desechos sobre los pisos u otras estructuras conservadas y otros indicadores de acciones como el consumo de alimentos y bebidas. El segundo momento es el relleno del espacio, que comprende su propio conjunto de ofrendas y actividades relacionadas a su depósito, como el consumo de alimentos o el procesamiento del barro.Se hallaron además nuevos contextos funerarios Ychsma que extienden el área funeraria hacia el sur.
En la sección norte del Complejo Noreste se excavaron dos trincheras que permitieron profundizar la excavación hasta alcanzar el nivel del piso asociado al que probablemente fue, antes de la ampliación, el límite norte del Centro Ceremonial. Se registraron numerosos estratos de relleno con abundante material cultural, que confirmó el carácter atípico de crecimiento arquitectónico en esta zona. Se registró además el depósito intrusivo de cinco grandes postes de madera, relacionado con un proceso de cambio arquitectónico drástico en el área, que corrobora la importancia del Complejo Noreste y su carácter ceremonial complementario al uso de la Gran Pirámide.